Den Augustputsch in Moskau überstand Gorbatschow nur geschwächt. Der neue starke Mann, Boris Jelzin, Präsident der russischen Teilrepublik (RSFSR), verbot die KPdSU, deren Generalsekretär Gorbatschow war. Am 25. Dezember 1991 trat Gorbatschow als Präsident der Sowjetunion zurück. Die russische Regierung unter Jelzin forderte Honecker im Dezember 1991 auf, das Land zu verlassen, da andernfalls die Abschiebung erfolge. Am 11. Dezember 1991 flüchteten die Honeckers daher in die chilenische Botschaft in Moskau. Nach Erinnerung Margot Honeckers hatten zwar auch Nordkorea und Syrien Asyl angeboten, von Chile erhoffte man sich aber besonderen Schutz: Nach dem Militärputsch von 1973 unter Augusto Pinochet hatte die DDR unter Honecker vielen Chilenen, auch dem Botschafter Clodomiro Almeyda, Exil in der DDR gewährt, und Honeckers Tochter Sonja war mit einem Chilenen verheiratet. In Anspielung auf die DDR-Flüchtlinge in den bundesdeutschen Botschaften in Prag und Budapest wurde das Ehepaar Honecker ironisch „letzte Botschaftsflüchtlinge der DDR“ genannt. Chile allerdings wurde damals durch eine links-bürgerliche Koalition regiert, und die deutsche Bundesregierung äußerte, wenn Russland und Chile ihren Anspruch einlösen wollten, Rechtsstaaten zu sein, müsste Honecker, da mit Haftbefehl in Deutschland gesucht, in die Bundesrepublik überstellt werden. Am 22. Juli begründete der deutsche Botschafter Klaus Blech im russischen Außenministerium: „Nach Auffassung der deutschen Regierung verstößt die widerrechtliche Verbringung von Herrn Honecker gegen den Vertrag über die Bedingungen des befristeten Aufenthalts und die Modalitäten des planmäßigen Abzugs der sowjetischen Truppen aus dem Gebiet der Bundesrepublik Deutschland und gegen allgemeines Völkerrecht, weil sie dazu diente, eine wegen Anstiftung zur mehrfachen vorsätzlichen Tötung durch Haftbefehl gesuchte Person der Strafverfolgung zu entziehen.“....Drei Tage später verkündete der russische Justizminister im deutschen Fernsehen, Honecker werde nach Deutschland überstellt, sobald er die Botschaft verlassen habe. Am 7. März 1992 hieß es, die chilenische Regierung korrigiere ihre Haltung im Fall Honecker, Botschafter Almeyda sei zur Berichterstattung nach Santiago beordert, man sei verärgert über seinen Versuch, mit offenbar manipulierten Berichten über den todkranken Honecker dessen Einreise nach Chile zu erreichen. Almeyda wurde von seinem Posten abberufen. Zwar protestierte am 18. März 1992 eine Gruppe von Ärzten aus dem russischen Parlament und machte geltend, es sei die März-Diagnose, die manipuliert worden sei. Aber für die Öffentlichkeit schien Honeckers altersgerecht guter Allgemeinzustand gegen eine Krebserkrankung zu sprechen. Im Juni 1992 sicherte der chilenische Präsident Patricio Aylwin schließlich Bundeskanzler Helmut Kohl zu, Honecker werde die Botschaft in Moskau verlassen. Die Russen ergänzten, sie sähen „keinen Grund“, von ihrer Entscheidung von Dezember 1991 abzurücken, „wonach Honecker nach Deutschland zurückzukehren hat“. Am 29. Juli 1992 wurde Erich Honecker nach Berlin ausgeflogen, wo er verhaftet und in die Justizvollzugsanstalt Moabit gebracht wurde.
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