Grundsätzlich ist in Bezug auf Safari anzumerken, dass bloss noch die Version für Mac OS X (und die abgewandelte Version für iOS) unterstützt wird. Die letzte Windows-Version ist inzwischen über ein Jahr alt, inzwischen wurden in WebKit mehrere kritische Schwachstellen entdeckt. Somit sollte Safari unter Windows nicht mehr eingesetzt werden. Selbst unter Mac OS X sind eine Vielzahl von Browsern verfügbar, welche leichter konfigurierbar und besser erweiterbar sind und zudem im Falle von Schwachstellen oftmals wesentlich schneller aktualisiert werden - z.B. Firefox, Google Chrome oder Opera wobei die Letzteren ebenfalls auf WebKit bzw. einem Fork davon basieren.
Wenn du dennoch Safari nutzen möchtest, wäre meines Erachtens eine Erweiterung sinnvoll, um die Ausführung von JavaScript und Plugins auf Website-Ebene zu erlauben/einzuschränken. Ausserdem solltest du alle nicht zwingend notwendigen Plugins (QuickTime, iTunes, ...) deaktivieren.