Menschenrechtsorganisationen wie Amnesty International[54], Human Rights Watch und B’Tselem werfen der israelischen Armee Verstöße gegen das humanitäre Völkerrecht, darunter auch Kriegsverbrechen, sowie schwere Menschenrechtsverletzungen vor: Die israelische Armee habe demnach Palästinenser als menschliche Schutzschilde eingesetzt[55] und habe gezielte Tötungen von palästinensischen Extremisten ohne gerichtliches Verfahren durchgeführt.[56] Im Libanonkrieg 2006 habe die israelische Armee im Kampf gegen die islamistische Hisbollah-Miliz unverhältnismäßige Angriffe durchgeführt, Streubomben und Phosphorbomben eingesetzt sowie ihre Angriffe auch gezielt gegen die zivile Infrastruktur des Libanon gerichtet.[57]
Schovrim Schtika, eine Organisation ehemaliger israelischer Soldaten, hat zahlreiche Fälle von Misshandlungen von Palästinensern dokumentiert.[58] Medienberichten zufolge hätten Anzeigen bezüglich Folterungen nicht zur Aufnahme von Ermittlungen geführt.[59]
Im Jahr 2002 gründete sich die Initiative Seruv (Verweigerung), ausgehend von einem offenen Brief, in dem 50 Offiziere und Soldaten erklärten, keinen Dienst in den palästinensischen Gebieten mehr zu leisten. Sie argumentieren, das Agieren der israelischen Armee in den Gebieten sei kein Dienst am Zionismus, sondern könne die Lage nur verschlimmern. Sie distanzierten sich damit auch von den harten Methoden, mit der Israel versucht, den Gazastreifen und das Westjordanland im Griff zu behalten, und bezeichnen sie als unterdrückerisch. Seruv haben sich inzwischen über 600 Armeeangehörige angeschlossen; einige von ihnen wurden für ihre Verweigerung zu kürzeren Gefängnisstrafen verurteilt.
Am 23. Februar 2008 zeigte ein israelischer Fernsehsender Aufnahmen, in denen israelische Soldaten Palästinenser misshandelten. Die Tageszeitung Ha’aretz verglich die Bilder mit den Aufnahmen von Folterungen in Abu Ghraib.[60]
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