• Hallo liebe Userinnen und User,

    nach bereits längeren Planungen und Vorbereitungen sind wir nun von vBulletin auf Xenforo umgestiegen. Die Umstellung musste leider aufgrund der Serverprobleme der letzten Tage notgedrungen vorverlegt werden. Das neue Forum ist soweit voll funktionsfähig, allerdings sind noch nicht alle der gewohnten Funktionen vorhanden. Nach Möglichkeit werden wir sie in den nächsten Wochen nachrüsten. Dafür sollte es nun einige der Probleme lösen, die wir in den letzten Tagen, Wochen und Monaten hatten. Auch der Server ist nun potenter als bei unserem alten Hoster, wodurch wir nun langfristig den Tank mit Bytes vollgetankt haben.

    Anfangs mag die neue Boardsoftware etwas ungewohnt sein, aber man findet sich recht schnell ein. Wir wissen, dass ihr alle Gewohnheitstiere seid, aber gebt dem neuen Board eine Chance.
    Sollte etwas der neuen oder auch gewohnten Funktionen unklar sein, könnt ihr den "Wo issn da der Button zu"-Thread im Feedback nutzen. Bugs meldet ihr bitte im Bugtracker, es wird sicher welche geben die uns noch nicht aufgefallen sind. Ich werde das dann versuchen, halbwegs im Startbeitrag übersichtlich zu halten, was an Arbeit noch aussteht.

    Neu ist, dass die Boardsoftware deutlich besser für Mobiltelefone und diverse Endgeräte geeignet ist und nun auch im mobilen Style alle Funktionen verfügbar sind. Am Desktop findet ihr oben rechts sowohl den Umschalter zwischen hellem und dunklem Style. Am Handy ist der Hell-/Dunkelschalter am Ende der Seite. Damit sollte zukünftig jeder sein Board so konfigurieren können, wie es ihm am liebsten ist.


    Die restlichen Funktionen sollten eigentlich soweit wie gewohnt funktionieren. Einfach mal ein wenig damit spielen oder bei Unklarheiten im Thread nachfragen. Viel Spaß im ngb 2.0.

[Technik] Durchbruch in der AIDS-Forschung?

aids.jpg Eine HIV-Infektion lässt sich behandeln, aber bislang nicht heilen. Forschern aus der TU Dresden und dem Heinrich-Pette-Institut in Hamburg ist im Kampf gegen die oft tödlich verlaufende Immunkrankheit womöglich ein entscheidener Durchbruch gelungen.

Der Wirkstoff ist eine Rekombinase namens "Brec1". Vereinfacht funktioniert das Prinzip so, dass sich ein speziell gestaltetes Enzym an die menschliche DNA-Abfolge klammert und die HIV-1-Primärisolate dabei herausschneidet. „Die von uns entwickelte Gen-Schere hat funktioniert: Nach einer gewissen Zeit waren die Zellen nicht mehr HIV-infiziert. Das ist ein großer Fortschritt, ein sehr wichtiger Schritt in der Forschung“, erklärt Frank Buchholz, der seit 20 Jahren an dieser Methode forscht.

Mit 37 Millionen HIV-positiven Menschen und über zwei Millionen jährlichen Neuinfektionen stellt HIV weiterhin eine große Herausforderung für die Weltgesundheit dar. Diese revolutionäre Methode, die in einigen Jahren in eine Dialyse für HIV-Patienten münden soll, wird am Dienstag im renommierten Wissenschaftsjournal „Nature Biotechnology“ vorgestellt. Tests mit HIV-Patienten stehen aber noch aus.

MAZ-Online
 

RedlightX

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Ich frage mich, was geschehen würde, wenn der Mensch in der Lage wäre, sämtliche Krankheiten - auch die, die idR irgendwann tödlich verlaufen, zu heilen.
Hat sich nicht irgendetwas in der Natur dabei gedacht? Ist es nicht vielleicht dazu gedacht, um den Menschenbestand zu regulieren - wie es auch in der Tierwelt ist?
 

TRON2

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@RedlightX:

Ich denke es geht ja gerade darum, sich als denkende Art immer weiter von der Abhängigkeit zu lösen und immer weiter durch Selbstständigkeit zu ergänzen.
 

supercowpower

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Hehe, einfach in Zitronensäure baden. Dann wird man schnell gesund ;)

@RedlightX
Ok, lass uns einfach alle Krankenhäuser schließen. Allen Ärzten die Arbeit verbieten. Medikamente verbieten und überhaupt jegliche Behandlungsart einstellen. Dann reguliert sich der Bestand ganz sicher sehr schnell. Wir sind eine dominierende Specie auf der Erde, wir haben keine Krallen oder Reißzähne um zu dominieren. Wir haben Hände und bauen, zerstören, erfinden, verbessern alles was wir wollen. Und ich habe eine enttäuschende Nachricht für Sie und alle die in die Richtung denken. Wir sind auch Teil der Natur. Ja wir gehören zur Natur und jegliches Handeln gehört zur Natur weil wir zur Natur gehören. Und die "Natur" hat uns hierhin gebracht. Wenn wir Menschen also die Erde mit Atombomben vernichten was verdammt schade und total behindert wäre, so war es die Natur. Oder sind wir etwas anderes und gehören aus ihrer Sicht NICHT zur Natur? Oder sind wir eingeschränkte Götter und wissen nicht was wir eigentlich wollen? Kennen Sie den Film Terminator? Auch das ist Natur, denn Natur hat es soweit gebracht bzw. Menschen und Menschen gehören zur Natur. Hm, also ist ja die Natur an allem Schuld oder noch besser das Universum ist schuld, haha nicht. Das ist Evolution. Und es ist schön dass wir nicht alle gleich denken, sonst würden wir rosten. Dies soll kein Angriff sein sondern soll meine Denkweise und völliges Unverständnis ihrer Denkrichtung repräsentieren. Deshalb freue ich mich über eine vernünftige Diskussion. Hier ist mir noch was eingefallen, zu "die Natur hat sich bestimmt was dabei gedacht". Die Natur ist also eine Art denkendes Wesen? Vielleicht Gott oder so? Und Gott soll sich irgendwas gedacht haben? Soviel dazu.
Und jetzt von der emotionalen Seite, wenn du jemanden liebst wer auch immer das sei. Und bei diesen jemand wird Krebs diagnostiziert, sagst du dann auch: "Sorry aber die Natur wollte das vermutlich so, der Bestand muss reguliert werden und du hast einfach Pech gehabt, also tja du musst jetzt sterben weil wir keine Behandlung dafür haben". Willst du das so? Das bezweifle ich. Wozu mein ganzer Text hier, wir haben alle Freiheit der Welt. Das sagt schon alles.
 
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virtus

Gehasst

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AUF DEM MOND
Natürlich entsteht er wohl ziemlich direkt während der Schwangerschaft, da wird wohl irgendwo das Erbgut beschädigt. Aber es wirkt sich wohl erst nach circa 20 Jahren aus. :unknown:

--- [2016-02-24 19:27 CET] Automatisch zusammengeführter Beitrag ---

Ich frage mich, was geschehen würde, wenn der Mensch in der Lage wäre, sämtliche Krankheiten - auch die, die idR irgendwann tödlich verlaufen, zu heilen.
Hat sich nicht irgendetwas in der Natur dabei gedacht? Ist es nicht vielleicht dazu gedacht, um den Menschenbestand zu regulieren - wie es auch in der Tierwelt ist?

Nein. Es hat sich niemand irgendetwas dabei gedacht.
 

KaPiTN

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Aber es wirkt sich wohl erst nach circa 20 Jahren aus.

Wo steht, das sich das (was?) nach 20 Jahren auswirkt?

Da steht, es kann zu Fehlbildungen kommen, also eine direkte Folge. Daß , wie bei den Versuchstieren, die Nachkommen unfruchtbar werden, steht da nicht
 

Metal_Warrior

Defender of Freedom
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So, gelesen. Schönes Paper, sehr interessante Forschung, aber man merkt gleich, dass die Jungs wohl nix anderes machen (weil sie einem die Abkürzungen der einzelnen Zellen, Vektoren und vormaliger Rekombinasen nur so um die Ohren hauen).

Wie versprochen hier also der Versuch, euch das mal laienverständlich zu erklären (schreien, falls mir das nicht gelingt):

Gleich vorangestellt: Es ist nicht die erste Arbeit mit dieser Zielrichtung, sie haben das schon mal gemacht. Diesmal waren sie nur effektiver. Grundidee ist, HIV aus den Zellen "rauszuschneiden", statt die Zellen mit Medikamenten daran zu hindern, die Virusteilstücke überhaupt zu produzieren.

Was ist HIV, was macht der Virus, wie läuft die Bekämpfung ab?
Der Human Immunodeficiency Virus besitzt eine Hülle aus CD4[SUP]+[/SUP]-T-Zellmembran (also die Membran der Wirtszelle), aus der mehrere viruseigene "Dockingmarker" ragen. Einfach ausgedrückt tarnt sich das Mistvieh so als körpereigene T-Helferzelle, nur kleiner und mit komischen - aber sehr wenigen - Bobbeln an der Oberfläche. Im Inneren befinden sich (grob zusammengefasst) innerhalb des eigentlichen Viruskapsids (der eigentlichen Virushülle aus viruseigenen Proteinen) die RNA des Virus (welche die Erbgutinformationen trägt), eine reverse Transkriptase und eine Integrase. Dockt der den Virus umgebende Membranklumpen, angeregt durch den Dockingmarker, an eine CD4[SUP]+[/SUP]-T-Helferzelle an, wird der Virus in die Zelle eingeschleust. Ist das Virus nun im Zellinneren, fängt die reverse Transkriptase an, aus der RNA eine DNA zu bauen. Grund dafür ist, dass RNA vom menschlichen Körper zwar für die Proteinproduktion verwendet wird, aber nicht ursprünglich - wir tragen unser Erbgut als DNA spazieren, und der Virus will ja unsere DNA infizieren; das geht nur, wenn er selbst zur DNA wird. Anschließend sorgt die Integrase dafür, dass die neu produzierte HIV-DNA in unsere Chromosomen eingebaut wird. Dazu schneidet die Integrase an einer relativ beliebigen Stelle den DNA-Strang auseinander und baut die Virus-DNA dazwischen. Ab diesem Zeitpunkt kann sie auf normalem Zellweg Proteine synthetisieren und die Zelle ist nicht mehr in der Lage, den Virus los zu werden.
Das Virusgenom, als DNA "Provirus" genannt, liegt nun als Strang in der menschlichen DNA. Bei der reversen Transkription wurden regulatorische "Endkappen" (LTR's) an das Virusgenom angelegt, die einerseits das Auffinden ermöglichen und andererseits auch dessen Exprimierung (Auslesen + Protein/RNA bauen). Im HIV-1-Genom selbst sind 9 Gene codiert: gag, pol, env, tat, rev, vif, vpu, vpr und nef. Uns interessieren nur die ersten 4. gag codiert zusammen mit env für die Virushülle (das Kapsid und die Dockingmarker/Bobbel), pol für die Enzyme (reverse Transkriptase, Integrase und Protease - zu Letzterer gleich mehr) und tat ist der Marker, der die LTR des Provirus erkennt, bindet und so der zelleigenen RNA-Polymerase II sagt, was genau hergestellt werden soll - das Virus nämlich. Hat die Polymerase und alle nachfolgenden Zellkomponenten den Virus mit seinen (Vorläufer-)Proteinen hergestellt, finden diese sich zusammen und werden von der Zelle abgeschnürt. Die Zelle wird also nicht - wie bei manch anderen Viren - bis zum Platzen vollproduziert, sondern kann ewig so weitermachen. Der abgeschnürte Klumpen entwickelt sich dann zum nächsten Virus - und der Spaß kann von Neuem beginnen.
Soweit die Theorie - in der Praxis exprimieren die meisten infizierten T-Zellen aber gar nichts, zumindest nicht andauernd, sondern nur bei Belastung des Immunsystems. Das führt dazu, dass sich diese infizierten Zellen lange Zeit im Körper aufhalten und erst bei Infektionen anderer Art (Grippe, Schnupfen etc.) überhaupt HI-Viren produzieren. Das macht die Bekämpfung etwas schwer, denn der medikamentöse Ansatz ist beispielsweise, die viruseigenen Enzyme zu blockieren und das möglichst so lange, bis die Zelle an Altersschwäche stirbt. Alternativ kann das Docking verhindert werden, in der Hoffnung dass irgendwann eine Riesenfresszelle sich ob der winzigen "T-Zelle" wundert und sie einfach mal verschlingt. Da die T-Zellen aber auch die Aufgabe haben, Langzeitinformationen über Infektionen zu speichern, ist das ein zeitintensives Unterfangen, und die antiviralen Medikamente sind auf Dauer weder billig noch gesund. Außerdem haben sie den saudummen Nachteil, dass sich der Virus anpassen kann und sie damit wirkungslos werden.

Alternative Therapie - Endlösung auf DNA-Niveau
Wir wissen, dass die LTRs recht konserviert sind, d. h. bei vielen HIV-Stämmen identisch oder nur wenig verschieden. Was tat binden kann, können wir auch. Die Idee ist also, eine "Extegrase" zu bauen, die den Effekt der Integrase umkehrt - nämlich die Virus-DNA findet und einfach wieder rausschnibbelt. Freie DNA mag eine Zelle nämlich gar nicht, da sind sofort andere Enzyme am Werk, die das Ding verdauen (DNAsen). Das hat eine ganze Menge Vorteile:
- Wir können sofort schnibbeln, sobald die Virus-DNA zugänglich gemacht wird (also wenn sie exprimiert werden soll) - wann das genau ist, interessiert uns eigentlich gar nicht
- Der Virus kann sich dagegen nur wehren, wenn er die DNA sofort wieder einbaut - dann spielen wir ein bisschen hin und her und gewinnen am Ende trotzdem, weil irgendwann ist eine DNAse (das Verdauungsenzym) schneller als die Integrase des Virus
- Enzyme sind sehr spezifisch, sie machen das, was sie sollen, und nix anderes (meistens)
- Antivirale Medikamente müssen im Idealfall gar nicht mehr verabreicht werden

Was haben die Forscher jetzt gemacht?
Zuerst mussten die Forscher herausfinden, welche LTR-Sequenz genau das Ziel des Schnitts sein sollte. Zwar sind LTRs relativ konserviert, die einzelnen Stämme des HI-Virus haben aber durchaus auch Abweichungen. Sie haben sich dafür entschieden, eine besonders konservierte Teilsequenz der großen Hauptstämme von HIV-1 zum Zielvektor zu erklären, weil das den meisten HI-Patienten hilft. Es gibt bereits eine ganze Menge "Schnibbelenzyme", die alle an unterschiedlichen Stellen schneiden - teils natürlicher Art, teils auch menschlich "evolutioniert". Eines dieser Enzyme wurde nun durch eine "Evolutionsmaschine" geschickt - immer leicht verändert und wieder ausprobiert, bis am Ende ein Enzym rauskam, das die gewünschte Schnittstelle erkennt und schneidet. Bingo - die Schnittstelle wird geschnitten, alles wird gut.
Äh, nein. So eine Zelle ist ziemlich kompliziert, aus mehreren Gründen. Erstens könnte es sein, dass das zusätzliche Enzym, wenn man es in eine Zelle packt, von der Zelle gleich wieder abgebaut wird. Das wäre denkbar schlecht, die ganze Arbeit für die Katz. Viel schlimmer noch, man muss das Enzym erstmal in diese Zelle rein bekommen, auch das ist gar nicht so einfach, wie es sich anhört - immerhin hat die Zelle nicht grade Lust, jedes dahergelaufene Molekül in sich aufzunehmen, und wenn, dann nur verdaut. Das können wir aber wieder gar nicht brauchen. Und dann darf es in der Zelle auch keinen Schaden anrichten, also zum Beispiel andere Schnittstellen im Genom angreifen, die halt nur LTR-ähnlich sind.
Erstmal das Packproblem: Wie kommt ein Enzym in eine Zelle. Nun, dafür haben wir Methoden, und eine der erfolgreichsten Methoden ist die, welche sich auch alle Viren zunutze machen: Docken, gewünschte DNA einschleusen, DNA exprimieren lassen, voilá. Die Forscher haben dazu Lentiviren verwendet, die sie umprogrammiert haben. Das ist zwar teuer, zeitraubend und kompliziert, aber auch relativ sicher.
Zellverträglichkeit 1: Ob die Zelle das Enzym auch annimmt, findet man sehr schnell raus - man schleust nicht nur die DNA ein, sondern auch eine Sequenz, die - wenn sie vom produzierten Enzym geschnitten wird, zum Beispiel einen Leuchtstoff exprimieren lässt. Leuchtet die Zelle unter UV-Licht in einem hübschen Grün, wars wohl eGFP (enhanced Green Fluorescend Protein). Das macht man natürlich mit einer ganzen Zellkultur. Die hat auch schön geleuchtet, die Zellen waren also zufrieden mit dem neuen Mitbewohner.
Zellverträglichkeit 2: Nebenwirkungen. Das findet man nur raus, wenn man die infizierten Zellen lange beobachtet, sich vermehren lässt und nach vielen Generationen mal nachschaut. Haben sie gemacht, hat funktioniert. Die Zellen waren bis zum Ende glücklich und völlig unbekümmert. Trotzdem wurde eine Sicherung ausprobiert: Das neue Enzym wird an den tat-Vektor gekoppelt - es wird nur dann exprimiert, wenn tat in der Zelle vorhanden ist, und das ist erst der Fall, wenn die Zelle mit dem HI-Virus infiziert wurde. Hat auch funktioniert, alles gut.
Zellverträglichkeit 3: Multiple Infektionen. Sind zwei HI-Viren in der gleichen Zelle aktiv, gibt es mehr als zwei LTR-Schnittstellen - im dümmsten Fall kann es dazu führen, dass ein gigantischer Bereich des Chromosoms einfach mitsamt beider HI-Stränge rausgeschnitten wird. Das ist doof, weil nicht zu ändern. Aber es ist auch egal, aus mehreren Gründen. Erstens haben wir Chromosomenpaare - ist eins davon kaputt, ist es der Zelle ziemlich egal. Zweitens ist es wahrscheinlicher, dass die zwei nahe beisammen liegenden LTR-Stellen geschnitten werden, weil räumliche Nähe. Drittens pflanzt sich HIV irgendwo ins Genom rein - dabei können schon Gene abgeschalten worden sein, die zum Beispiel wichtig für die Tumorprävention waren. Der Schaden des HI-Virus ist also auf genetischem Niveau (unabhängig von der immunschwächenden Wirkung) wesentlich höher. Und viertens konnte bereits beobachtet werden, dass sich HI-Viren scheinbar nur äußerst selten T-Zellen aussuchen, die schon infiziert sind.
Zellverträglichkeit 4: Ganzer Organismus. Eine Zelle ist kein Organismus. Zwar können zelluläre Probleme auch dort bleiben, sie müssen es aber nicht. Wenns dumm läuft, leidet der ganze Organismus darunter. Auch das wurde ausprobiert, indem man befruchtete Mäuse-Eizellen mit dem Enzym versetzt hat und in pseudo-schwangere Mäuse eingepflanzt hat. Die ausgewachsenen "Infizierten" wurden dann gepaart, und die ebenfalls mit dem Gen bestückten Nachkommen wurden untersucht. Offenbar keine negativen Auswirkungen.
Zellverträglichkeit 5: Infektion. Wurde getestet - Mäuse mit humanen T-Zellen wurden infiziert, die Infektion klang ab, d. h. die Viruslast in der Lymph- und Blutbahn nahm schnell ab, die Zellsterblichkeit war minimal. Es funktioniert also auch am lebenden Objekt.
Zellverträglichkeit 6: Fortpflanzung. Das wurde nicht ausprobiert. Obwohl "Zellverträglichkeit 4" dahingehend verstanden werden kann, wäre das ein Trugschluss: Die ursprünglichen Eizellen, also die Mäuse im Ein-Zell-Stadium hatten das Gen. Das wird bei der Anwendung nicht so sein, da lässt man die Lentiviren auf ausgewachsene Individuen los. Können die Viren die Keimbahn infizieren (also entweder die Testikel oder die Eierstöcke), können Nachkommen das eingebrachte Gen tragen. Das ist auch bei Virusinfektionen so. Gewünscht ist das nicht, eigentlich wollen wir ja nur die T-Zellen mit dem Oberflächenprotein CD[SUP]4[/SUP] infizieren, weil nur die sich gegen HIV wehren können müssen. Das wäre eine somatisch verlaufende Infektion, die Keimbahn wäre nicht betroffen. Wie gesagt, wurde nicht probiert.

So, ich glaub, ich hab nix vergessen - wenns Fragen gibt, einfach raus damit.
 

alter_Bekannter

N.A.C.J.A.C.

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Schade das man keine Maschine hat zum Zellen nach Wunsch zusammebauen.

Ich schätze mein größtes Problem ist das ich nach wie vor nicht wirklich weiss was: gag, pol, env, tat, rev, vif, vpu, vpr und nef bedeuten/exakt sind, das ist aber wohl zum verstehen des Textes nicht so wichtig, so lange man nicht vor hat das zu Hause nach zu machen. Was aber so oder so nicht so einfach sein dürfte da mir dazu offensichtlich eine Menge Ausrüstung und vorbereitete Lentiviren fehlen. Und das ganze klang schon im Text teuer. Nicht zuletzt weil du gesagt hast das sie teuer sind.:D

Allerdings interessiert mich noch brennend was in diesem Kontext "äußerst selten" bedeutet?
So selten das man davon ausgehen kann das es wenn es vorkommt nicht wirklich relevant ist für den Patienten?
So selten das es bei vielen Patienten geschätzt wohl einfach nicht passiert?
 
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Metal_Warrior

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@alter_Bekannter:
Ich nehme an, du beziehst dich auf "multiple Infektionen". Dazu hab ich dir mal eine Literaturquelle rausgesucht:

If we assume that all of the multiple HIV-1 DNA molecules that we observed were derived from multiply infected cells the upper 95% confidence bound for the proportion of multiply HIV-1–infected CD4+ T cells in peripheral blood is 19% and 29% during early and chronic infection, respectively, far below the previous estimate (14, 15). Furthermore, when we compared the actual number of multiple HIV-1 DNA molecules with the values predicted by Poisson distribution, we estimated the most likely frequency of cells containing multiple HIV-1 DNA molecules during early and chronic infection to be 2.6% and 7.0%, respectively, and not significantly different from 0 for any individual patient.
Quelle: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3131354 - Unterpunkt Discussion, 2. Absatz.

Vielleicht ist an der Stelle das "äußerst" etwas übertrieben, aber ich hab mir vorher nicht jede Primärquelle durchgelesen, sorry ;)
Und ja, angesichts der anderen Problematiken und Fallbacks bei Multiinfektion ist es für den Patienten wohl eher unerheblich. Immerhin ist die Zelle nach Infektion für den Körper schon unbrauchbar - viel unbrauchbarer kann sie kaum werden, vor Allem weil sie ihn ständig mit weiteren Viren vollpumpt.

Und nein, eigentlich ist das Verständnis von gag, pol, env, tat etc. gar nicht wichtig für den Text. Dazu muss man sich auch schon recht gut in der Genetik auskennen, um hier Erklärungen zu verstehen, zumindest für alles, was nach env kommt. gag, pol und env selbst codieren Polypeptide/Proteinketten, die anschließend an bestimmten Stellen geschnitten werden können, um einzelne wirksame Proteine zu erhalten. Der Wikipedia-Artikel zu Pepsinogen sowie weiterführende Artikel helfen dir vielleicht beim Verständnis, auch wenn das jetzt nichts mit dem Virus selbst zu tun hat.
 

alter_Bekannter

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peripheral blood ist das: https://en.wikipedia.org/wiki/Peripheral_blood_cell ?

Und da ist die Konzentration bedeutend höher? Ich muss hier ein bischen Jenga spielen mit Annahmen. Daher frage ich lieber öfter.
Wobei mich hier gerade auch mein logisches Verständnis verlässt, wenn das Knochenmark quasi als außen zählt, was ist dann innen?

Ich finde so keinen Weg wie diese Zahlen zusammenpassen. Insbesondere 7% / 29% zu kein großer Unterschied zu 0 für einen Patienten.

Hm, bin immer noch bei "ca 10% der betroffenen Zellen sind wohl mehrfach infiziert". Was sich immer noch böse mit 0 pro Patient beisst.
Außerdem gibts große Unterschiede je nachdem von wo man das Blut nimmt.

Aber im Bezug auf die Wirksamkeit dieser Methode heisst das wohl so oder so, es ist nachher immer besser als vorher, selbst im schlimmsten Fall. Weil die Zellen im schlimmsten Fall halt nachher Müll(der unproblematisch entsorgt wird?) sind statt weiteren HI-Viren-Erzeugern.
 

Metal_Warrior

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@alter_Bekannter: Periphäres Blut ist Blut, das nicht direkt aus dem Herzen entnommen wird, aber aus dem Blutkreislauf. Wenn du Blut spendest, spendest du also periphäres Blut.

Das Knochenmark zählt als außen - von wo aus gesehen? Außen ist immer relativ zum Auge des Betrachters, aber vom Knochenmark lese ich hier nichts.

Der Weg, den du suchst, ist im kompletten Artikel ersichtlich. Die haben einzelne CD[SUP]4[/SUP]-Zellen genommen, ihre DNA vervielfacht und aus der Anzahl der Vervielfachungsschritte und der Menge an erhaltener DNA auf die Anzahl der Stränge in der Ursprungsprobe geschlossen. Dabei sind Schwankungen durchaus normal, selbst wenn die Probe jeweils ein einziger Strang ist. Sie haben den obersten Wert angegeben (Annahme: Jede Abweichung zeigt mind. ein Duplikat), und den Wert, der in der Poisson-Verteilung am Wahrscheinlichsten ist (basierend auf der beobachteten Schwankung der Methode). Dabei waren die Werte 7/29% für chronische Infektionen (zwei bis länger als 15 Jahre), die Werte 2,6/19% für Frühstadien (bis ein halbes Jahr).
Dabei ist zu beachten, dass selbst ein Duplikat in der Zelle nicht automatisch eine sekundäre Infektion darstellt - sind Zellen im Teilungsvorgang, ist ein Duplikat völlig normal, weil nötig. Hat die reverse Transkriptase nach dem ersten DNA-Strang einen weiteren hergestellt, wird der ebenso als Duplikat erachtet. Musste die Zelle zerstörte DNA reparieren und dazu das infizierte Chromosom heranziehen, zeigt sich das ebenfalls als Multiinfektion. Und schlussendlich ist es wie gesagt völlig normal, dass die PCR (das ist die Methode) statistisch abläuft und daher Schwankungen absolut normal sind, vor Allem wenn von Einzelsträngen ausgegangen wird (je weniger Grundsubstanz, desto exponentiell höher die Schwankung). Letztendlich sind die Zahlen also so zu lesen:

"Es sind rund 2,6% vermutete Multiinfektionen bei Frühstadium-Patienten, und rund 7% bei chronischem Krankheitsbild. Die erhöhten Zahlen geben wir mit an, weil sie ein Ergebnis waren und man uns sonst Unwissenschaftlichkeit vorwerfen könnte, sagen aber dazu, dass sie unglaubwürdig sind."

Wobei die Zahlen dummerweise erst wirklich aussagekräftig sind, wenn man weiß, wie hoch der jeweilige Prozentsatz der infizierten T-Zellen gegenüber dem Gesamtpool an T-Zellen ist. Liegt der mal satt über 90%, sind 7% der Zellen schon ne rechte Seltenheit. Darüber hab ich jetzt beim Überfliegen aber nix gefunden.
 

alter_Bekannter

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Ok, vielen Dank, die richtigen formell korrekten Dokumente machen inhaltlich einen ganz gewaltigen Unterschied zum "indirekten Antrag auf Fördergelder durch gute PR".

Zur Statistik, die kommt also so zusammen weil man Zellen kurz vor der Teilung und einige defekte nicht sicher(="über 95%-sicher"?) von Multiinfizierten unterscheiden kann und deswegen ist die Anzahl derer von der Messung her deutlich höher als der realistisch zu erwartende Wert? Der auf was beruht? Nach dem was ich bislang gelesen würde mich eine 90% Wahrscheinlichkeit nicht überraschen wenn ich das System jetzt verstanden habe. Ich denke ich bin jetzt bei, was das medizinische angeht. Jetzt fehlen noch die formellen Anforderungen im Bezug auf die Statistiken. Ich nehme an die 95% müssen für solche Dokumente sein? Aber sind eigentlich Overkill und jeder im Bereich weiss das?

Was dann wiederum auch erklären würde warum du erwähnt hast nicht alle Primärquellen gelesen zu haben.
 

Metal_Warrior

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Zur Statistik, die kommt also so zusammen weil man Zellen kurz vor der Teilung und einige defekte nicht sicher(="über 95%-sicher"?) von Multiinfizierten unterscheiden kann und deswegen ist die Anzahl derer von der Messung her deutlich höher als der realistisch zu erwartende Wert?
Unter Anderem, ja.
Der auf was beruht?
Erfahrung mit der Methode. Die machen sowas ja oft (PCR ist eine Methode, die jedes noch so popelige Biochemielabor fast täglich durchführt); packt man nichtinfizierte Zellen rein und führt das "trocken" durch (was gemacht wird), würde man haufenweise Zellen finden, deren DNA einfach (nur nach Meiose, was bei Blutzellen Unsinn ist), dreifach (was nur bei Trisomie der Fall wäre), vierfach (nur vor mitotischen Teilungsvorgängen) oder sogar noch öfter (völliger Unsinn) vorhanden ist. Das wird natürlich mit berücksichtigt in der Statistik und mündet in einen zu erwartenden Wert.
Nach dem was ich bislang gelesen würde mich eine 90% Wahrscheinlichkeit nicht überraschen wenn ich das System jetzt verstanden habe.
90% Wahrscheinlichkeit wovon?
Ich nehme an die 95% müssen für solche Dokumente sein? Aber sind eigentlich Overkill und jeder im Bereich weiss das?
Jajein. Prinzipiell kannst du auch Paper veröffentlichen, in denen deine Wahrscheinlichkeiten bei 50% liegen ("kann wahr sein, kann auch falsch sein, zu gleichen Teilen" - also reine Spekulationen sind), die nimmt nur keiner ernst. 95% ist gut, 98% wäre perfekt, 99% grenzt in der Biochemie eher an ein Wunder und wer mit 100%iger Wahrscheinlichkeit Dinge ausschließt, der lügt dich an. Im Prinzip gibts ne recht einfache Regel: Sei so genau wie möglich. Fehlschläge sind genauso wichtige Informationen wie Erfolge, sie werden nur selten publiziert.
Was dann wiederum auch erklären würde warum du erwähnt hast nicht alle Primärquellen gelesen zu haben.
Nein, das liegt daran, dass ich ein Leben außerhalb dieses Betätigungsfelds habe. Jede dieser Primärquellen ist ein Paper, jedes dieser Paper ist zwischen 2 und 20 Seiten lang. Primärquellen gibts pro Paper zwischen 20 und 100. Das Paper, worüber wir eigentlich reden ("Directed evolution of a recombinase that excises the provirus of most HiV-1 primary isolates with high specificity" - Janet Karpinski et al.) hat 8 Seiten Abhandlung, 4 Seiten Methodenbeschreibung und 59 Quellen. Und wir beide diskutieren ja grade schon eine Primärquelle, die auch wieder rund 6 Seiten Abhandlung, eine Seite Methodik und 34 Quellen hat. Also wenn du dich fragst, weshalb Professoren und Forschungsgruppen so viel Kohle bekommen - das ist einer der Gründe. Die lesen nämlich den ganzen Zirkus, und beim Durchlesen eines jeden Papers hat man wieder eine neue Idee, in welche Richtung man das jetzt selbst weiterentwickeln kann. Und deshalb ist für Doktorarbeiten auf naturwissenschaftlichem Gebiet auch eine Zeit von mehreren Jahren veranschlagt.
 

alter_Bekannter

N.A.C.J.A.C.

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"90%" war ein Beispiel für einen Wahrscheinlichkeitswert der wohl theoretisch ausreichend gewesen sein könnte aber von der "Form"* her nicht als zulässig gilt. Aber deine bisherige Antwort bringt mich im Bezug auf diese Frage schonmal ein gutes Stück weiter. Schon klar das man nur Werte deutlich über 50% ernst nehmen kann. Und jemand der 100% verspricht natürlich immer lügt, das ist in anderen Bereichen auch nicht anders. Selbst bei Microcontrollern und Computern, nur nimmt man da halt keinen ernst der nicht mindestens 99% versprechen kann, je nach Bereich, da die tatsächlichen Hardwarefehlerquoten da halt im späten Nachkommastellenbereich liegen können.

Im Biochemiebereich gilt also grob ab 95% ist "gut"? Wie schlecht wären denn beispielsweise 70-90%?(Grob gemessen am Ansehen entsprechender Aussagen.)
Was dann jetzt langsam zu einer etwas genaueren Definition der Frage worauf diese Annahmen beruhen führt. Es gibt dann wohl sicher Primärquellen die auch diese Annahmen belegen. Ist das so alltäglich und selbstverständlich das dazu nichts explizit erwähnt wird? Ich erwarte nicht das du die jetzt rauskramst, ich will nur verstehen warum das so hingenommen wird. Denn für einen Außenstehenden Fachfremden könnte das wie eine schlichte "reingeworfene Behauptung" klingen, was ich nicht beurteilen kann, weil Fachfremd, aber das wäre halt das böseste was mir dazu einfällt.

Der letzte Satz war schon so gemeint wie er da stand und war nicht die passiv aggressive Unterstellung, gegen die du dich gerade rechtfertigst. Die Aussage war wirklich so naiv/unschuldig.:D

Einfach nur:
Deswegen war es zum Thema relevant das du explizit klar gemacht hast nicht alle Primärquellen gelesen zu haben, denn in denen könnten ja weitere Erkenntnisse die vom inhaltlichen Anspruch nicht für diese Version gereicht haben enthalten gewesen sein. Unter anderem ist ja klar ersichtlich das nicht jeder wirklich durchgeführte Test der grob das Thema berührt darin verewigt wurde und verewigt werden konnte. Man schreibt ja auch nicht in sein "Berichtsheft" welche Konsistenz denn der morgendliche Stuhlgang hatte obwohl es prinzipiell vielleicht während der Arbeitszeit geschehen ist. Dokumentation ist halt Abgrenzung und darauf wollte ich hinaus. Ich wollte nur in Erfahrung bringen wie exakt diese Werte in dieses Paper gefunden haben.




*Unter der Annahme das es denn exakte Formvorschriften gibt. Meine Theorie war halt das es Formvorschriften gibt, jetzt klingt es aber mehr nach "gutem Ton" zumindest für die verlinkten Dokumente.
 

Metal_Warrior

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Im Biochemiebereich gilt also grob ab 95% ist "gut"?
Kommt auf die Methode an. Ein Standard-Immunoassay wäre mit 95% ziemlich mies. PCR ist eigentlich ein DNA-Multiplikationstool, alle Messungen damit sind mehr oder weniger Zweckentfremdung der Methode (aber funktionierende Zweckentfremdungen, bis zu einem gewissen Grad). Daher ist auch die Fehlermarge höher, und sie steigt exponentiell mit der schwindenden Menge an Ausgangsmaterial. Das alles hier zu erklären wäre ziemlicher Overkill und frisst ne Menge Zeit - es gibt nen Grund, warum das ein vollständiges Studium ist.

Es gibt dann wohl sicher Primärquellen die auch diese Annahmen belegen.
Ja, natürlich. Du musst ja nur lesen, alle Fußnoten sind Quellenangaben. Sofern sie halt nicht selbstverständlich sind, weil es jeder so sieht und täglich im Labor wieder bestätigt - dann musst du halt in Lehrbüchern kramen und deren (alte) Quellen anzapfen.

Zum Thema "dahingerotzte Behauptung" (ich nenns jetzt mal genauso böse wie du, völlig wertungsfrei):
Paper sind sowas wie die Filme eines Filmstars, nur dass alle Kritiker auch Filmstars sind. Das bedeutet, gute Paper, deren Angaben von anderen Wissenschaftlern bestätigt werden können, steigern das Vertrauen in die Integrität des Forschers und machen seine Paper glaubhafter. Wer oft zitiert wird (weil man seiner Arbeit vertraut), dessen "Ranking" steigt. Wird die Behauptung eines Papers überprüft und für unwahr befunden, ist auch das ein Paper wert. Schlussendlich baut alle weitere Forschung auf diesen Ergebnissen auf, wenn sie falsch sind, wird entweder alles darauf aufbauende nicht funktionieren oder aber zu widersprüchlichen Ergebnissen führen. Eigentlich sind es also weniger die Wahrscheinlichkeiten, die eine Arbeit in Wissenschaftskreisen glaubhaft machen, sondern der Name des Forschers. Und wer sich mit weiterführender Forschung beschäftigt, dem sagen auch die Wahrscheinlichkeiten wesentlich mehr als dem Laien (der ich an dieser Stelle leider auch bin).
Achtung: Hier nicht "Presse" mit den Wissenschaftskreisen verwechseln. Auch die Fachpresse druckt manchmal völligen Unsinn ab (Vergleiche: Steinlaus), den Wissenschaftsbetrieb stört das aber vergleichbar wenig. Das ist bei Studien an Menschen schon eine ganz andere Geschichte (weil da die Variablen unendlich viele werden); in der Biochemie ist eigentlich jede Aussage - verglichen mit einer Doppelblindstudie an 100 Krebspatienten - leicht nachzuprüfen.

Ich wollte nur in Erfahrung bringen wie exakt diese Werte in dieses Paper gefunden haben.
Sie helfen den Spezialisten auf dem Gebiet, die Aussagen richtig einzuordnen. Für die Presse und den Laien ist das zumeist irrelevant, weil völlig zusammenhanglos. Ach, und wirkliche Vorschriften gibts meineswissens eigentlich nicht, zumindest nicht im Bezug auf Methoden. Wissenschaft ist ja keine Analytik im Sinne einer Materialprüfung, sondern ein Vortasten in völlig unbekanntes Terrain.
 
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