Hallo Thomas,
Analyse-Tools eignen sich nur bedingt, um Fehler ausfindig zu machen. Das Problem dabei: Eine Maschine hat (noch) nicht die nötige Intelligenz, um Angriffe abseits von geläufigen Methoden und bekannten Schwachstellen durchzuführen.
Sofern du selbst also keine Erfahrung mit der Thematik hast, könntest du über Google Glück haben, wenn ein CMS eingesetzt wurde und findest dann dort hilfreiche Beitrage, die dir eine Lösung des Problems erklären. Je nach Umfang und Brisans der Daten könntest du natürlich auch den Link hier posten, sodass man einen Blick darauf werfen könnte. Im schlimmsten Fall müsstest du entweder die Homepage von einem anderen Programmierer neu entwickeln lassen oder einen professionellen Penetration Test durchführen lassen.
Ansonsten ist die übliche Vorgehensweise, die Seite zunächst für öffentliche Besucher zu sperren und die Dateien (auch wenn diese kompromittiert sein mögen) zu sichern, um lokal Analysen durchführen zu können. Bedenke, dass dies aber gefährlich sein kann, wenn du nicht weiß, was du tust (beispielsweise wenn Schadcode über einen lokalen Webserver ausgeführt wird und so Zugriff auf dein System ermöglicht).
Weiterhin sind die Log-Dateien ein guter Ansatzpunkt, um den Angriff rekonstruieren zu können, sofern diese nicht vom Angreifer gelöscht/geändert wurden.
Darüber hinaus könnten aber auch Schwachstellen in der Serversoftware existieren. Bei gehosteten Webspaces und Datenbank ist es aber nicht deine Aufgabe, dort Fehler zu finden, sondern das übernimmt der Serveradministrator. Hast du jedoch einen eigenen Server, so solltest du diesen komplett vom Internet trennen.