Wenn du den phys. Server schon als Hypervisor nutzt, würde ich dringend empfehlen einen neuen vortuellen DC mit neuer Domäne aufzusetzen und sauber bei null wieder anzufangen. Bei den paar Arbeitsplätzen sollte man da an einem Wochenende gut durchkommen. Allerdings hört es sich für mich so an, als wärst du in der Thematik auch nicht so richtig fit. Wenn das so ist, dann lass dir bitte von einem fähigen Systemhaus helfen. Du kannst ja zusammen mit einem Techniker das Ding neu aufziehen, dann hast du hinterher auch einen Überblick.
Eine einmal verfuckelte Domäne macht irgendwann Ärger. Und wenn du dann nicht genau weißt wo du anpackst, machst du es schnell nur noch schlimmer.
PS: 2003R2 ist auch nicht mehr so ganz zeitgemäß. Auch wenn es Geld kostet, würde ich überlegen ob man nicht auch in neue Hard- und Software investiert wenn man eh einmal dran ist. Sonst hast du in nicht all zu langer Zeit wieder Arbeit wenn aufgerüstet werden soll.