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Grundsätzlich mal eine IT-Frage. Sollte man beim Update (respkt. Aktualisierungsverwaltung) mit und ohne Passwortabfrage eigtl. alle Programme die laufen geschlossen halten bzw. nichts weiteres öffnen oder ist das nicht wichtig?
hier Lubuntu 16.04 x64
Laufende Programme werden normalerweise* nicht beeinträchtigt, sie werden ja nur einmal von der platte gelesen und dann im speicher gehalten, neue starten kann problematisch sein, wenn das Programm das man startet oder Abhängigkeiten von diesem aktualisiert werden.
*Es gibt ein paar ausnahmen, wie z.B. sublime das einfriert wenn man es aktualisiert während es läuft, aber sowas ist eher selten.